Die Handlung von The Last of Us spielt hauptsächlich im Jahr 2033, zwei Jahrzehnte nachdem ein mutierter Cordyceps-Pilz 60 Prozent der Weltbevölkerung infiziert und in wandelnde Kannibalen verwandelt hat. Nach dem Zusammenbruch der Regierung kontrolliert das Militär die von den meisten Überlebenden bewohnten Quarantänezonen. Die Gruppierung der Fireflies lehnt den gewaltsamen und totalitären Polizeistaat ab und führt einen Guerillakampf gegen das US-Militär.

Joel, der beim Ausbruch der Infektion seine 12-jährige Tochter Sarah durch einen Schuss eines Soldaten des Militärs verloren hat, ist Schwarzhändler in der Quarantänezone von Boston. Er gerät durch Zufall an die Anführerin der Fireflies, die ihn und seine Gefährtin Tess bittet, die 14-jährige Ellie aus der Quarantänezone zu schmuggeln und in ein Versteck der Fireflies zu bringen. Auf der Flucht werden sie von Soldaten aufgeschnappt und es stellt sich heraus, dass Ellie infiziert ist. In letzter Sekunde gelingt es ihnen, die Soldaten zu überwältigen. Ellie erklärt, dass der Biss an ihrem Arm drei Wochen alt sei und sie eine Immunität entwickelt habe. Nur die Fireflies können möglicherweise ein Heilmittel herstellen. Joel wird daraufhin von Tess überzeugt, ihren Auftrag um jeden Preis zu erfüllen. Als sie jedoch am Firefly-Stützpunkt ankommen, wurden dort bereits alle Fireflies vom Militär ermordet. Tess, die kurz zuvor von einem Infizierten gebissen wurde, ermöglicht Joel und Ellie die Flucht, indem sie sich im Kampf mit den Soldaten opfert.

Joel und Ellie folgen nun den Hinweisen nach dem Verbleib der übrigen Fireflies, die jedoch allem Anschein nach tot sind. Auf ihrer Reise quer durch die USA kommt es immer wieder zu gefährlichen Auseinandersetzungen mit Huntern und Infizierten, bei der Joel schließlich lebensgefährlich verletzt wird und von Ellie nur knapp in Sicherheit gebracht werden kann. In den Wintermonaten muss Ellie sich nun allein auf die Suche nach Nahrung und Medizin begeben. Als sie einen Hirsch jagt, stößt sie auf einen Hunter. Beide geraten in einen Hinterhalt und können nur gemeinsam im Kampf gegen Infizierte bestehen. Es gelingt ihr, Medizin für den verletzen Joel zu besorgen. Der Hunter jedoch erkannte Ellie wieder, da sie zuvor gemeinsam mit Joel zahlreiche Hunter in einer nahe gelegenen Stadt umgebracht hat. Sie überfallen das Versteck der beiden. Beim Versuch, die Angreifer wegzulocken, wird Ellie gefangen genommen. Der durch die Medikamente mittlerweile genesene Joel kann die Verfolgung aufnehmen und Ellie befreien.

Im Frühjahr des Jahres 2034 treffen Ellie und Joel schließlich auf die Fireflies, die sich in einem Krankenhaus in Salt Lake City verschanzt haben. Da der Pilz im Gehirn des Wirts heranwächst, würde Ellie die notwendige Operation, die zur Untersuchung ihrer Immunität nötig wäre, nicht überleben. Joel entschließt sich, Ellie aus dem Operationssaal zu befreien und erschießt auf der Flucht die Anführerin der Fireflies.

Beiden gelingt die Flucht aus dem Krankenhaus. Auf dem Weg aus der Stadt fragt Ellie, die unter Narkose nichts mitbekommen hat, warum die Fireflies die beiden gehen ließen. Joel belügt Ellie und behauptet, dass es viele immune Infektionsträger gäbe, aber die Herstellung eines Wirkstoffes nicht möglich sei. Das Hauptspiel endet mit der Ankunft in Jacksonville, wo Joels Bruder in einer relativ sicheren Gemeinschaft lebt.

Während der Kampagne findet der Spieler verschiedene Briefe, Fotos, Audioaufnahmen und Zeitungsartikel, die eine ausführlichere Hintergrundgeschichte erzählen.

Joel erzählt Tommy, seinem Bruder, was wirklich im Hospital der Fireflies passiert ist und das er Ellie angelogen hat. Die beiden begeben sich danach nach Jackson...

Jahre später: Ellie und Dina gehen auf Patrouille während Joel und Tommy ebenfalls unterwegs sind. Es ist idyllischer Winter und es wirkt friedlich.
Abby, eine junge Frau, mit einer Höhenangst macht sich ebenfalls auf den Weg mit Owen. Sie entdecken Jackson. Im Dialog wird offensichtlich das sie jemand suchen. Abby macht sich allein auf den Weg und gerät in in ein Konflikt mit Infizierten. Knapp kann sie entkommen als sie von zwei Männer gerettet wird. Nach einem Kampf gegen weitere Infizierte flüchten die Drei in Abbys Unterschlupf wo ihre Freunde auf sie warten. Die beiden Männer stellen sich vor: Es sind Tommy und Joel. Wobei Abby und ihre Freunde zunächst überrascht sind und prompt ballert Abby Joel die Kniescheibe weg nur um kurz darauf mit ein Golfschläger auf ihn einzuschlagen...
Ellie macht sich Sorgen da Tommy und Joel überfällig sind und macht sich auf den Weg.
Sie findet ihr Ziehvater schwer verletzt auf den Boden liegend. Sie wird ergriffen und am Boden festgehalten. Unfähig etwas dagegen zu tun muss sie mit ansehen wie Joel mit einem Golfschläger getötet wird. Danach wird sie bewusstlos getreten...
Ellie sind nach Rache und macht sich mit Dina auf den Weg nach Seattle wo sie abwechselnd Infizierte, Wolves und die Scars treffen. Auf den Weg stellt sich raus das Dina schwanger ist. Und muss im Theater zurück bleiben während Ellie ihre Ziele abklappert. Unterwegs rettet sie Jesse und findet Tommy. Alles scheint gut zu laufen doch der Tod von Owen und Mel hat es im Aquarium in sich, da letztere hochschwanger ist. Zurück im Theater ruht sich Ellie aus und steht vor der Entscheidung nach Jackson zurückzukehren oder weiter nach Abby zu suchen. Die Entscheidung wird ihr aber abgenommen da Abby sie stellt. Dabei wird Jesse getötet und Tommy sowie Dina verletzt....

In Rückblenden erfahren wir von der schönen Beziehung zwischen Ellie und Joel. Ellie kann schwimmen und Gitarre spielen (Im ersten Teil musste Joel ihr Versprechen es ihr beizubringen).

Als Überraschung zu Ellies Geburtstag bringt er sie in ein Naturkundemuseum. Wo sie sich Dinosaurier ansehen sowie die Raumfahrt Ausstellung.
Ellie setzt sich mit einem Helm der Astronauten in die Apollo-Kapsel mit Joel. Er gibt ihr eine Kassette und bittet sie die Augen zu schließen bevor sie das Tape startet. Es ist die Originalaufnahme vom Start der Apollo Mission.
In eine andere Rückblende erfährt Ellie in der sie das Hospital der Fireflies nach nützlichen Informationen sucht das Joel sie angelogen hat. Sie konfrontiert Joel damit und ist wütend. Sie bleibt in Jackson da sie es versprochen hat möchte aber mit ihm nicht zu tun haben...

Szenenwechsel:
Abby und die anderen haben mit der Rache an Joel zuknappern. Abby geht mit Mel und Manny sowie der Hündin Alice auf Patrouille. Natürlich werden sie prompt angegriffen von den Infizierten und den Scars.
Schließlich wird Owen vermisst und sie macht sich auf die Suche nach ihm gerät sie in die Hände der Scars und wird gehängt. Sie hat Glück und wird von Lev und seiner Schwester gerettet. Allerdings ist der Arm der Schwester zertrümmert worden bei der Rettung nach einer Ersten Hilfe lösst sie die Beiden zurück. Sie findet Owen und beide unterhalten sich. Im weiteren Verlauf kommen die Scars näher und Abby soll sie aufhalten. Was sie auch tut und kehrt zu Lev und seiner Schwester zurück. Der Arm ist mittlerweile schlimmer geworden so das Abby sich entschließt beide ins Aquarium mitzunehmen.

Im Aquarium ist Mel ebenfalls da und untersucht den Arm. Es stellt sich raus das der Arm entfernt werden muss. Allerdings benötigt man medizinische Güter welche nicht da sind. Gemeinsam mit Lev macht sich Abby auf den Weg allerdings in schwindelerregende Höhen. Abby fürchtet sich und Lev versucht erfolgreich beizustehen. In dem er erklärt wozu Angst gut ist und mit dem Zitat:"Nur in deiner Schwäche findest du deine wahre Stärke."
Natürlich geht etwas schief und sie müssen ein Umweg nehemen. Sie müssen Stalker, Runner Bloater etc aus dem Weg gehen.
Am Ziel angekommen lässt Abby Lev zurück das im Krankenhaus die Wolves stationiert sind. Mittlerweile weiß man das Abby Fahnenflucht begannen hat und verhaftet sie. Eine Freundin befreit sie und teilt ihr mit das in ein Bereich die Medikamente sind. Allerdings ist diese Versiegelt und lange war da keiner. Abby geht dahin und sucht den Bereich ab wo sie allerdings auch auf Infizierte trifft sowie eine unbekannte mörderische Art. Nach einen heftigen Kampf kann sie entkommen und trifft auf Lev. Gemeinsam machen sie sich auf den Rückweg. Es kommt zum kampf und nun sind auch ihre ehemaligen Kameraden ihre Gegner. Beide kehren ins Aquarium zurück und die Schwester wird behandelt... Im weiteren verlauf haut Lev ab um mit seiner Mutter zu sprechen. Die ältere Schwester ist besorgt denn die Mutter ist eine streng Gläubige. Also folgen Abby und seine Schwester Lev zur Insel... sie finden Lev welcher in eine Ecke hockt während die Mutter tot vor ihm liegt. Er erzählt das er von ihr angegriffen wurde und sie als er sich wehrte gegen die Pfosten gefallen ist. Die Schwester erklärt das er sich gewehrt hat und er nicht schuld ist...

Dann greifen verfrüht die Wolves die Scars an. Die Schwester stirbt... Abby zieht Lev mit sich und es folgt ein hitziger Kampf.

Zurück im Aquarium merkt Abby das etwas nicht stimmt. Sie findet Alice welche tot ist. Sie sucht nach Mel und Owen und findet diese tot. Lev findet eine Karte und Abby macht sich sich gemeinsam mit Lev auf den Weg zu den Täter. Sie dringen in das Theater ein wo sie Tommy und Dina stellen. Jesse stürzt mit Ellie in den Raum wodurch ersterer erschossen wird. Es folgt ein Kampf auf Leben und Tod und Abby ist dabei Ellie den Rest zu geben als Lev sie verbal aufhält. Sie lässt von Ellie ab und verschwindet mit Lev...

In der Rückblende erfahren wir das der Arzt den Joel im ersten Teil getötet hat der Vater von Abby ist und das sie sich sehr nahe standen.

Neun Monate später: Ellie und Dina leben mit JJ auf eine Farm. Alles scheint idyllisch und perfekt. Doch ein Ereignis lässt Ellie daran denken wie Joel gestorben ist. Zu allem überfluss kommt Tommy mit neuen Informationen über den Aufenthalt von Abby. Ellie möchte nicht und Tommy macht ihr Vorwürfe das sie ihr Versprechen nicht einhält und geht wieder. Ellie findet keine Ruhe und will sich fort schleichen allerdings bemerkt Dina es. Sie ist nicht bereit das noch einmal durchzumachen und bittet Ellie zu bleiben und es zu vergessen. Doch Ellie kann nicht und geht...

In Santa Barbara suchen Abby und Lev nach Informationen der Fireflies. Sie können Funkkontakt herstellen werden aber von einer Gruppe Unbekannter gefangen genommen.

Ellie kommt in Santa Barbara an znd findet das Segelboot. Nachdem sie gründlich das Boot durchsucht hat macht sie sich auf den Weg.
Zunächst trifft Ellie auf Infizierte bis sie in eine Falle latscht und sich verletzt.
Die Unbekannten finden sie und wollen sie irgendwohin bringen. Ellie gelingt es sich aus der Situation zu befreien und nach ein Verhör weiß sie wo Abby ist.

Sie schleicht in die Base der Fremden ein. Sie findet und befreit eine Gruppe Gefangene aber Abby ist nicht unter ihnen. Einer erzählt ihr wo sie Abby finden könnte. Sie folgt angeschlagen den Weg und findet Abby angebunden an ein Pfahl. Abby selbst angeschlagen erkennt sie und bittet sie zu befreien. Ellie tut dies. Abby holt Lev ebenfalls vom Pfahl runter. Abby erzählt Ellie das in der Nähe ein Boot sei. Ellie folgt Abby. Als es so scheint als würden sich ihre Wege trennen wird Ellie wieder von den hässlichen Bilder von Joels tot heimgesucht. Sie meint zu Abby das sie sie nicht gehen lassen kann. Abby erklärt sie will nicht kämpfen doch es kommt zum Kampf. Ellie gelingt es Abby unter Wasser zu drücken... Ellie erinnert sich wie Joel das letzte mal mit ihr Sprach und lässt von Abby ab und sie kann mit Lev verschwinden.

Ellie kehrt auf die Farm zurück. Das Haus ist aufgeräumt und Dina und JJ sind fort. Sie findet die Gitarre und erinnert sich an das letzte Gespräch mit Joel.
Sie spielt ein paar Akkorde die merkwürdig klingen da ihr zwei Finger fehlen. Ellie stellt die Gitarre ans Fenster und geht wieder.